Seit Januar 2005 ist die Kieler Howaldtswerke-Deutsche Werft GmbH ein Teil des neuen europäischen Werftenverbundes ThyssenKrupp Marine Systems AG, deren Hauptsitz sich in Hamburg befindet. Neben Hamburg und Kiel hat ThyssenKrupp Marine Systems weitere Standorte in Emden, Rendsburg, Karlskrona und Malmö (Schweden) sowie Skaramanga (Griechenland).
Der Standort Kiel gliedert sich seit dem 1. Oktober 2005 in zwei Gesellschaften:
* Die Howaldtswerke-Deutsche Werft GmbH, die als Business Unit der ThyssenKrupp Marine Systems die Submarine Division lenken und
* die HDW-Gaarden GmbH, die Handelsschiffe (v. a. ausgewählte Containerschiffe und Yachten) fertigt.
HDW ist Teil der Submarine Division, welche von Kiel aus gelenkt wird.