Im Jahre 2003 wurden im Flensburger Hafen 323 Frachtschiffe abgefertigt. 130 dieser Schiffe fuhren unter deutscher Flagge. Der gesamte Güterumschlag des Flensburger Hafens belief sich im Jahre 2003 auf 573.737 Tonnen (im Jahr 2002 waren es nur 457.629 Tonnen gewesen).