Das Eisenbahn-Bundesamt ist eine selbstständige, einstufige Aufsichts- und Genehmigungsbehörde für die Eisenbahnen des Bundes und die Magnetschwebebahn. Mit Wirkung vom 01.01.1994 wurden im Rahmen der Strukturreform der deutschen Bahnen die ehemaligen Sondervermögen des Bundes - die Deutsche Bundesbahn und die Deutsche Reichsbahn - neu aufgeteilt. In den unternehmerischen Bereich “Deutsche Bahn AG (DB AG)“ und in den dem Bundesministerium für Verkehr, Bau und Stadtentwicklung nachgeordneten hoheitlichen Bereich mit den Bundesoberbehörden Eisenbahn-Bundesamt (EBA) und Bundeseisenbahnvermögen (BEV).
Als Aufsichts- und Genehmigungsbehörde sorgt das EBA für die tägliche Sicherheit der Fahrgäste. Dies wird zum Beispiel erreicht durch die Bauaufsicht, durch die Abnahme von Fahrzeugen und durch die Überwachung des sicheren Zustandes der Eisenbahnbetriebsanlagen und des Eisenbahnbetriebs. Für 13 Bundesländer nimmt das EBA die Landeseisenbahnaufsicht wahr. In diesem Rahmen wird die Regionalisierung des Schienenpersonennahverkehrs, ein weiterer Eckpfeiler der Bahnreform von 1994, vom EBA aktiv begleitet und unterstützt. Die der DB AG bereitgestellten Bundesmittel für Neubau, Ausbau und Erhalt der Schienenwege werden vom EBA hinsichtlich ihrer Verwendung überprüft und haben inzwischen einen Betrag um rund 50 Mrd. Euro erreicht.