Die Geschichte der Reederei Karl Schlüter lässt sich bis ins 19. Jahrhundert zurückverfolgen. Karl Schlüters Großeltern mütterlicherseits befuhren zu dieser Zeit noch die Eider. Das motorisierte Segelschiff „Henny“, gebaut 1898 in Hoogesand, Holland, das Johannes Jess (1882 – 1956), dem Großvater des heutigen Firmeninhabers Jens-Peter Schlüter, gehörte war das letzte Frachtschiff das die Eider-Sperre passierte.
Mit Eröffnung des Kaiser-Wilhelm Kanals 1895 verlagerte sich der Handel von der Eider hin zum neu eröffneten Kanal. Von da an betrieb die Familie den Schiffsverkehr zwischen der dänischen und der deutschen Küste. Bis zu ihrem Verkauf im Jahre 1953 war die „Henny“ teil dieser Linie.
Nach dem Zweiten Weltkrieg kaufte Kapitän Karl Schlüter (1912 – 1994), Vater von Jens-Peter Schlüter, einen stark von Bomben zerstörten lighter und baute ihn in der Uecker Werft in Rendsburg zu einem Frachter mit 500 t Leergewicht um.
Die so entstandene „Heike Schlüter“ war das erste Schiff im Besitz der von Karl Schlüter 1950 gegründeten Reederei. Die „Heike Schlüter“ stand bis 1958 im Dienst der Reederei und transportierte in dieser Zeit hauptsächlich Holz zwischen Skandinavien und England. Nach einer Reihe neuer Schiffe, jedes größer als sein Vorgänger, markierte die 1973 vom Stapel gelassene „Gabriella“, gebaut von Hugo Peters in Wewelsfleth, den Beginn des multi-vessel Geschäfts. Von diesem Tage an wuchs die Flotte beständig an.
1975 stieg Jens-Peter Schlüter in die Firma seines Vaters ein. In diesem Jahr wurde mit der „Thomas Mann“ ein Containerschiff mit einem Leergewicht von 2.200 t und Raum für 150 Container geordert. Mit der Bestellung dieses Schiffes erweiterte sich die Handelszone der Reederei Karl Schlüter bis hin zum Mittelmeer. In den darauf folgenden Jahren wurden noch zahlreiche andere Neubauten in Dienst gestellt